
En bref
Le temps partiel thérapeutique permet à un agent public de reprendre progressivement son activité, tout en percevant l’intégralité de son traitement. Depuis la réforme de 2020, il n’exige plus d’arrêt de travail préalable et s’obtient sur la base d’un certificat médical. Un refus de l’administration n’est pas discrétionnaire : il doit être motivé et ne peut, en pratique, écarter un avis médical favorable sans justification sérieuse. Le conseil médical peut être saisi en cas de désaccord. Le refus se conteste par un recours gracieux puis devant le tribunal administratif, dans un délai de deux mois. Lorsqu’il contredit un avis médical favorable sans motif solide, il est particulièrement fragile.
Votre médecin vous juge apte à reprendre à mi-temps pour raisons de santé, mais votre administration refuse. Vous vous retrouvez face à un choix impossible : reprendre à plein temps trop tôt, ou rester en arrêt avec la perte de traitement qui l’accompagne. Ce refus n’est pourtant pas un pouvoir libre de l’administration. Il obéit à des règles précises, et lorsqu’il contredit l’avis d’un médecin, il est souvent contestable.
Ce qu’est le temps partiel thérapeutique
Le temps partiel thérapeutique, ou TPT, permet à un agent de reprendre ou de poursuivre son activité à temps réduit pour un motif de santé. Sa particularité est financière et décisive.
Il peut être accordé après un congé pour raison de santé, mais aussi, depuis la réforme, dans d’autres situations où l’état de l’agent le justifie. La quotité de travail, souvent 50, 60, 70 ou 80 pour cent, est fixée en fonction de l’état de santé et de l’avis médical.
Ce que la réforme de 2020 a changé
C’est le point que beaucoup d’articles n’ont pas intégré, et qui rend obsolètes une partie des refus.
Avant la réforme, le temps partiel thérapeutique supposait un arrêt de travail préalable : il fallait avoir été en congé maladie pour y prétendre. L’ordonnance de 2020 et ses textes d’application ont supprimé cette condition. Le TPT peut désormais être accordé sans arrêt préalable, sur la base d’un certificat médical établi par le médecin traitant, l’octroi ayant par ailleurs été simplifié.
Conséquence pratique : un refus fondé sur l’absence d’arrêt préalable, ou sur l’ancienne procédure, repose sur un état du droit dépassé. C’est le premier point à vérifier sur la motivation d’un refus.
Un refus n’est pas discrétionnaire
C’est le cœur du sujet. L’agent croit souvent que l’administration décide librement. Ce n’est pas le cas.
La décision repose sur un avis médical, celui du médecin traitant à l’appui de la demande, et le cas échéant celui du médecin agréé ou du conseil médical. Lorsque l’avis médical est favorable au temps partiel thérapeutique, l’administration ne peut refuser qu’en s’appuyant sur des éléments sérieux, et sa décision doit être motivée.
| Situation | Marge de l’administration | Solidité d’un refus |
|---|---|---|
| Avis médical favorable, refus non motivé | Quasi nulle | Refus très fragile |
| Avis médical favorable, refus motivé par un avis contraire | Réelle, mais contrôlée | Débat devant le conseil médical |
| Refus fondé sur l’organisation du service | Encadrée, à justifier concrètement | Contestable si la nécessité n’est pas démontrée |
Le motif tiré de l’organisation du service mérite une attention particulière : invoqué de façon générale, sans démonstration concrète de l’impossibilité d’aménager le poste, il ne suffit pas à justifier un refus opposé à un avis médical favorable.

Le rôle du conseil médical
Comme pour le refus d’arrêt maladie, l’instance décisive lorsqu’un désaccord médical existe est le conseil médical. Il peut être saisi pour rendre un avis sur l’opportunité du temps partiel thérapeutique et sur la quotité adaptée.
C’est un levier souvent sous-utilisé. Face à un refus fondé sur un avis médical défavorable, l’agent peut demander que le conseil médical se prononce, en produisant les éléments de son médecin traitant et, si nécessaire, d’un spécialiste. Un avis favorable du conseil médical fragilise considérablement la position de l’administration.
Comment contester le refus
La démarche suit la même logique que pour les autres décisions défavorables en matière de santé au travail.
- Obtenez la décision écrite et sa motivation. Un refus non motivé, ou motivé par un état du droit dépassé, est déjà un point d’appui.
- Réunissez vos éléments médicaux. Certificat du médecin traitant établissant l’aptitude au temps partiel, avis de spécialistes, éléments sur l’aménagement possible du poste.
- Saisissez ou faites valoir le conseil médical lorsque le refus repose sur un désaccord médical.
- Formez un recours gracieux auprès de l’administration, en démontrant soit l’irrégularité de la motivation, soit sa contradiction avec l’avis médical favorable.
- Saisissez le tribunal administratif dans un délai de deux mois à compter de la notification, si le recours gracieux échoue.
Le refus de temps partiel thérapeutique s’inscrit souvent dans une séquence plus large, à la suite d’un arrêt maladie contesté ou d’une suspension de traitement. Lorsque le refus est irrégulier et cause un préjudice, une action en responsabilité administrative peut compléter la demande.
Le Cabinet PY Conseil intervient en droit de la fonction publique aux barreaux de Grenoble et Marseille, en visioconférence partout en France : analyse de la motivation du refus, constitution du dossier médical, saisine du conseil médical, recours gracieux et contentieux devant le juge administratif. Notre pratique locale est présentée sur la page droit de la fonction publique à Grenoble.
Votre temps partiel thérapeutique a été refusé ?
Un refus opposé à un avis médical favorable est souvent fragile. Faites analyser sa motivation avant de reprendre à plein temps ou de renoncer.
Réserver une consultationQuestions fréquentes
Le temps partiel thérapeutique fait-il baisser mon traitement ?
Non. Pendant un temps partiel thérapeutique, l’agent perçoit l’intégralité de son traitement, bien qu’il ne travaille qu’à temps partiel. C’est ce qui le distingue du temps partiel de droit commun, où la rémunération est proportionnelle à la quotité travaillée. Le TPT protège donc le revenu tout en permettant une reprise progressive.
Faut-il avoir été en arrêt maladie avant de demander un TPT ?
Non, plus depuis la réforme de 2020. L’exigence d’un arrêt de travail préalable a été supprimée. Le temps partiel thérapeutique peut désormais être accordé sur la base d’un certificat médical, sans congé maladie préalable. Un refus fondé sur cette ancienne condition repose sur un état du droit dépassé.
L’administration peut-elle refuser librement un temps partiel thérapeutique ?
Non. La décision repose sur un avis médical et le refus doit être motivé. Lorsque l’avis médical est favorable, l’administration ne peut refuser qu’en s’appuyant sur des éléments sérieux. Un refus non motivé, ou contredisant un avis médical favorable sans justification solide, est particulièrement fragile.
Un refus fondé sur l’organisation du service est-il valable ?
Pas automatiquement. Invoqué de manière générale, sans démonstration concrète de l’impossibilité d’aménager le poste ou le service, ce motif ne suffit pas à justifier un refus opposé à un avis médical favorable. L’administration doit établir une nécessité réelle, ce que le juge contrôle.
Que faire en cas de désaccord médical ?
Saisir ou faire valoir le conseil médical, qui peut se prononcer sur l’opportunité du temps partiel thérapeutique et sur la quotité adaptée. En y produisant les éléments de votre médecin traitant et, si besoin, d’un spécialiste, vous pouvez obtenir un avis favorable qui fragilise nettement la position de l’administration.
Dans quel délai contester un refus de TPT ?
Deux mois à compter de la notification de la décision de refus, devant le tribunal administratif, précédés le cas échéant d’un recours gracieux auprès de l’administration. Constituer un dossier médical solide et, si nécessaire, obtenir l’avis du conseil médical avant la saisine renforce les chances de succès.